自然养猪法的日常管理与常规养猪的日常管理相似，但应注意：
①猪的饲养密度，单位面积饲养猪的头数过多，床的发酵状态就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿，一般以每头猪占地1.2-1.5m2为宜，小猪时可适当增加饲养密度；
②发酵床的床面不能过于干燥，一定的湿度有利于微生物的繁殖，如果过于干燥还可能会导致猪的呼吸系统疾病。地面湿度必须控制在60%，应经常检查，如水分过多应打开通风口，利用空气调节湿度；
③入圈生猪事先要彻底清除体内的寄生虫，防止将寄生虫带入发酵床，以免猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而发病；
④要密切注意土壤微生物菌的活性，必要时需加活性剂来调节土壤微生物菌的活性，以保证发酵能正常地进行；
⑤猪舍中的锯屑变少时，适当补充微生物原种和锯末；
⑥为利于猪拱翻地面，猪的饲料喂量应控制在正常量的80%，生猪一般在固定地方排粪、撒尿，当粪尿成堆时挖坑埋上即可；
⑦猪舍内禁止使用化学药品和抗生素类物品，防止它们对土壤微生物的杀害作用，使得微生物的活性降低。自然养猪法的日常管理主要涉及垫料的日常维护、猪群的驱虫方案、猪群的免疫程序、猪场的消毒方案、改善猪只内环境的营养措施。
1、垫料的常规维护
进猪一周内为观察期，防止垫料表面扬尘。此周内一般不用特殊管理，主要观察猪排粪拉尿区分布情况，猪只活动情况，发现有无异常现象，做好相关记录。
一周后，一般每周根据垫料湿度和发酵情况翻耙垫料1-2次。若垫料太干，灰尘的出现，应根据垫料干湿情况，向垫料表面喷洒适量水份；把特别集中的猪粪分散开来；在特别湿的地方按垫料制作比例加入适量锯末、谷壳等新垫料原料；把比较结实的垫料翻松，把表面凹凸不平之处整平。
从进猪之日起每50天，大动作地深翻垫料一次。在粪便较为集中的地方，把粪尿分散开来，并从底部向上反复翻弄均匀；水分过多的地方添加一些锯未、谷壳等垫料原料；看垫料的水分决定是否全面翻弄。如果水分偏多，氨臭较浓，应全面上下翻弄一遍，看情况适当补充一些垫料原料和发酵菌种。
试验表明20cm深翻耙垫料其垫料表面和10cm深垫料温度变化规律如图5-1，翻耙垫料后一般在 10天左右温度会呈下降趋势。试验认为如果实际情况允许，育肥阶段饲养可以在 7-10天翻转一下床面。
图5-1 翻耙垫料后垫料温度变化规律
正常使用中的垫料，其中心部位应是无氨味、湿度在50%左右（手握不成团，摊开即散），温度在45℃左右、pH值7～8。否则垫料发酵效果不正常，当因其它原因造成垫料过湿而显氨味时，可适当添加吸湿性好的垫料原料（如锯末等）并辅助添加透气性原料（如稻壳等），猪出栏后，可加稻壳再堆积，调整水分和pH值。
全部猪只转出栏后，最好先将发酵垫料放置干燥2~3天。将垫料从底部反复翻弄均匀一遍，看情况可以适当补充米糠与菌种添加剂，重新由四周向中心堆积成梯形，使其发酵至成熟杀死病原微生物；同新垫料酵熟技术一样，重新酵熟垫料。该过程除垫料区可进行全面消毒（硬化地面、金属器械等推荐用火焰消毒）。进猪前1~2天，可将发酵成熟的垫料摊平后填充未发酵的垫料原料（如谷壳、锯末等），厚度约10cm左右，间隔24小时后即可再次进入下一批猪只进行饲养。
2、夏季垫料维护技术要点
夏季垫料的维护与其它季节不同，其主要垫料维护要点如下：
（1）调低垫料厚度
夏季垫料深度可适当调低一些，但需保证高度在50cm以上，一般60cm深的垫料比较合适，在保证发酵的同时还能避免发酵产热太多。
（2）营造垫料区域性发酵环境
发酵垫料本身有温度区域化分布的规律，一般四周温度低，中间和粪尿集中区温度高。正常季节，特别是冬季，尽量将粪便均匀到垫料各个区域，使其均匀发酵。夏季垫料管理有所不同，有意识地营造区域性发酵环境。夏季一般不进行翻耙工作，不用将粪便均匀散开，让猪只排粪尿自然形成一个粪尿排泄区。由于夏季气温相对高，其本身及附近区域发酵效率也相当高。如有粪便堆积，可顺势向后堆积，其他区域由于发酵营养源的缺乏，其发酵效率得到抑制而使垫料表面凉爽。
（3）制造垫料水汽蒸发区
当用常规降温措施均不太理想时，如当天最低气温高于25℃时可考虑向垫料滴水降温。由于滴水使滴水区域垫料水分过大而达到抑制该区域及周边区域发酵菌的发酵，同时受高温气候影响该区域形成较大的水分蒸发区，由于水分蒸发而带走周边热量而达到降温效果。
通过上述三大措施将垫料发酵区域化，专门营造垫料呈现出粪便区（也是发酵集中区）、水汽蒸发区、猪只休息区三大类区域（见图5-2）。加上强化通风、遮阴及设置水泥地面的喂料台（为猪只提供了选择垫料或水泥地面的权利），甚至设置遮阳网、覆盖草帘、通入冷空气、提供水域等措施解决猪只越夏问题。也有业者在探讨猪舍周围种植绿化树木和探讨直接利用建材林进行林下自然养猪法，可以充分利用夏季树荫，冬季利用阳光等自然资源，效果应该不错。
图5-2 夏季垫料温度控制方案
a、夏季垫料温度控制示意图 b、夏季猪只躺卧区域分布
3、肥猪出栏后垫料垫料的处理
育肥猪出栏后，先将发酵垫料放置干燥2-3天，蒸发水分，再将垫料从底部反复翻弄均匀一遍，看情况适当补充麸皮与环保生物素，重新由四周向中心堆积成梯形，表面覆盖透气性的编织袋使其发酵成熟杀死病原微生物。经7-14天酵熟后，将垫料平摊，上铺10cm厚的未经发酵处理、无霉菌污染、干净的潮湿锯末，即可等待迎接下一批猪苗入舍。
